轻度细菌性肠胃炎的患者经过呕吐、腹泻将毒素排除体外后可自行缓解。重度细菌肠胃炎的患者需要相应抗感染药物进行治疗。对于成年人来讲，医生会根据细菌培养的结果，选择敏感的抗生素或可根据经验选择抗生素。常用的抗生素如喹诺酮类的，如诺氟沙星，环丙沙星，左氧氟沙星等，对大部分细菌性肠胃炎患者效果较好。如当地氟喹诺酮耐药率较高，也可选择阿奇霉素治疗，疗程一般为3到5天。除了抗感染治疗以外，也可以给予肠黏膜保护剂和吸附剂，如蒙脱石散，以及微生物制剂，如肠道益生菌等，有利于细菌性肠胃炎的快速恢复。