第一、脑脊液循环通路受阻，先天畸形可能与父母接触了某些化学物品，放射线，放射元素，孕早期发热，服用某些中药，堕胎药，转胎药，胎位异常，羊水过多等有关。较多见的畸形有脊柱裂，中脑导水管狭窄，脑血管畸形等，脊柱裂伴有脊膜膨出或脊髓膨出者常有脑积水，也有可能是性结核隐性基因的遗传所致。第二、出血，颅内出血后纤维增生可导致脑积水，产生后颅内出血吸收不良，也是新生儿脑积水的常见原因，且往往易被忽视，脑外伤后蛛网膜下腔出血，致蛛网膜黏连，脑脊液循环障碍而发生脑积水。第三、脑积液分泌过多。第四、脑脊液吸收障碍。