肝素钠在临床上的禁忌主要是对于肝素过敏，有出血倾向，以及凝血机制障碍者，比如有血友病、紫癜、血小板减少等。有消化性溃疡、创伤、先兆流产，以及产后出血者。严重的高血压、颅内出血、细菌性心内膜炎、活动性结核、内脏肿瘤。有严重的肝功能、肾功能不全的患者，外伤以及手术后的患者，都是禁止使用的。这个药物在使用过程中，部分患者可能会出现有出血、寒战、发热，长期用药可能会导致可逆性的秃头症、骨质疏松和自发性的骨折。