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肝素钠在临床上的禁忌主要是对于肝素过敏,有出血倾向,以及凝血机制障碍者,比如有血友病、紫癜、血小板减少等。有消化性溃疡、创伤、先兆流产,以及产后出血者。严重的高血压、颅内出血、细菌性心内膜炎、活动性结核、内脏肿瘤。有严重的肝功能、肾功能不全的患者,外伤以及手术后的患者,都是禁止使用的。这个药物在使用过程中,部分患者可能会出现有出血、寒战、发热,长期用药可能会导致可逆性的秃头症、骨质疏松和自发性的骨折。