临床根据支原体的培养及药物敏感试验，选择最敏感的抗生素治疗。可用于治疗支原体感染的抗生素包括大环内酯类、喹诺酮类、四环素类及其它一些抗生素。四环素类是治疗人型支原体和解脲支原体的首选药物。沙眼衣原体感染者可以选择四环素类药物治疗，其中多西环素与四环素相比，优点在于每日服药次数减少、耐受性较好、半衰期长，还可以选择大环内酯类和喹诺酮类抗生素。