引起慢性结肠炎的原因有很多，慢性结肠炎属于自身免疫性的疾病范畴，一般认为免疫因素是导致结肠炎的主要原因，免疫异常造成炎症和损伤，结肠炎患者肠黏膜分泌异常，黏液糖蛋白改变，影响肠黏膜的完整性，激发一系列抗原特异性免疫反应与炎症变化。有时感染因素、过敏因素以及精神因素，也会引起慢性结肠炎，由于慢性结肠炎患者发病前常常有感染病史，应用抗生素取得一定的治疗效果，所以认为慢性结肠炎可能与感染因素有关。