输尿管结石出现阴茎疼痛有可能是疼痛放射到阴茎部位，这种情况主要针对结石进行治疗。如果结石体积比较大，无法自行排出，则一般需要通过手术治疗。如果结石体积相对较小，预测结石能够自行排出，则可以使用止痛药物对症治疗，同时使用扩张输尿管的药物让结石排出。当输尿管结石出现阴茎疼痛还需要排除结石是否继续往下排卡在尿道中导致阴茎疼痛。这种情况需要通过彩超或者CT明确相关检查，一般出现尿道结石的时候，也需要根据结石大小采取相应的治疗方法。出现输尿管结石之后也容易合并尿路感染，尿路感染患者也会表现为阴茎疼痛，这种情况需要完善尿常规检查，明确是否有尿路感染的现象。如果有尿路感染，则需要使用抗生素控制感染。