男人小便时尿道痛需要根据具体病因来服用药物。需要及时到医院做彩超检查、尿常规检查、分泌物涂片检查来明确诊断。如果是细菌性尿道炎，就会引起尿频、尿急、尿痛等症状，需要选择敏感度高的抗生素药物来进行治疗，比如左氧氟沙星。如果是尿道结石引起的小便时尿道痛，就需要多喝水多排尿，利用尿液冲击力把结石排出。如果结石位于尿道口附近，还可以用血管钳夹碎并且夹出。如果是淋病导致的小便时尿道痛，就需要服用阿奇霉素联合头孢菌素类药物。只有根据病因进行治疗才能达到好的治疗效果。