阴茎起小水疱，这种情况多考虑为生殖器疱疹导致的，也不排除是炎症刺激的因素。生殖器疱疹是属于性病的一种，主要是通过性生活进行传播的，这样就会导致阴茎出现红色斑丘疹并且在红色斑丘疹上出现小水疱，一般5-7天就可以痊愈，在小水疱的同时还会伴有神经性疼痛。除了生殖器疱疹以外，还有可能是由于炎症引起的，由于炎症的刺激也会使阴茎表皮出现小水疱，需要及时到医院就诊治疗。