扁平疣的治疗有以下几种方案：1、外用5-氟尿嘧啶软膏，每天1-2次进行外涂。2、维甲酸类软膏，在夜间进行点涂，同时可以口服转移因子胶囊、胸腺肽肠溶胶囊等来提高自身免疫力。3、在生活上要注意毛巾、脸盆等经常暴晒、消毒，不和他人共用卫生用品，不熬夜，不食辛辣、刺激性食物。不要用手去搔抓扁平疣，避免造成人为的扁平疣扩散。4、如果想要彻底根除扁平疣可以使用激光或液氮冷冻的方式来去除肉眼可见的疣体，也可以使用光动力治疗。