男性的阴茎根部出现隐痛的症状，是由于尿道、膀胱、前列腺的感染、炎症，或者是结石等原因所造成，比如尿道炎，患者的症状表现为在排尿或排尿结束的时候，出现阴茎内疼痛的症状，同时伴有尿频、尿急，自患者的尿道外口流白色、黄色分泌物的症状。如果是尿道内的结石，患者的症状表现为阴茎部的疼痛、排尿困难、肉眼血尿等症状。如果是前列腺炎，表现为会阴部、下腹部、股股沟部、阴茎以及阴囊的坠胀、隐痛等症状，同时伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路症状。如果出现阴茎根部隐痛的症状，需要到医院做相关的检查，才能明确具体的原因。