口腔溃疡的病因复杂，存在着明显的个体差异，主要与以下几个因素有关：第一是免疫因素，细胞免疫异常起主要的作用，患者存在的细胞免疫功能下降和T淋巴细胞亚群的失衡；第二是遗传因素，口腔溃疡的发病与多基因遗传有关；第三是系统性疾病的因素，口腔溃疡与胃溃疡，十二指肠溃疡，溃疡性结肠炎等各种消化道疾病或者功能紊乱密切相关；第四是环境因素，患者口腔生态，心理，生活和社会四环境与本病的发病有关；第五是其他因素，内分泌、微循环对该疾病的发生也有影响。