尿道疼的治疗方法主要取决于其原发的疾病，女性首发尿道感染导致的尿道疼痛，可以选择口服抗生素治疗，常见的敏感抗生素主要是喹诺酮类抗生素和第三代头孢类抗生素，相应的药物主要是左氧氟沙星和头孢克肟，绝大多数尿道感染在3日疗法后尿菌可转阴。男性首发急性尿道感染，此疗程建议为1周左右。尿道结石导致的尿道疼痛需要根据结石所在的具体位置来治疗，如结石位于前尿道的舟状窝附近，可以在尿道内涂些石蜡油或舒泰，再将结石挤出或用钳子夹出。后尿道结石需要急诊手术治疗，需要将结石推入膀胱，再在膀胱镜下碎石处理。