龟头有水疱可能是龟头炎引起的，也可能是由于生殖器疱疹引起的。当患者患有龟头炎的时候会因为摩擦而产生一些水疱，主要原因是龟头炎症没有消除，因此在治疗的时候会根据感染的病原体进行针对性的治疗，局部可以用盐水清洗、涂抹红霉素软膏等来治疗。生殖器疱疹主要是由于疱疹病毒所引起的，属于性病中的一种，（孕妇生殖器疱疹）会对新生儿产生感染，也会通过性生活进行传播，可以口服阿昔洛韦或者用抗生素软膏局部涂抹来进行综合治疗。建议龟头有水疱的患者先到医院进行检查，看看是龟头炎的问题还是疱疹所引起的，针对不同的疾病给予相应的治疗手段。