埃索美拉唑是质子泵抑制剂的一种，这一类药物都需要饭前半小时到一小时服用。这一类药物能够不可逆的结合，胃壁细胞膜上的氢钾ATP酶，能够阻碍氢离子从B细胞，分泌到胃腔中形成盐酸。在服用此药之后，大约半小时到一小时，血药浓度达到高峰，吃饭时胃壁细胞中的氢钾ATP酶，受到食物刺激，会很快从细胞质内向细胞膜转运，这时血液中达到高峰的质子泵抑制剂，能够非常高效的，与氢钾ATP酶结合使其失活，从而阻止胃酸分泌。如果饭后服用，在药物血液浓度达到高峰时，已经过了食物对胃酸分泌造成的最大刺激，其抑制胃酸效果会打折扣。