肺部感染的原因有细菌的因素，有病毒性感染因素，有真菌感染因素，还有些非典型病原体以及其它病原体所致都可能会造成肺部感染。常见的细菌，比如肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌等。非典型病原体，比如军团菌、支原体和衣原体等。病毒常见于冠状病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、麻疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。真菌见于念珠菌、曲霉、隐球菌、肺孢子菌、毛霉等。其他病原体，比如立克次体、弓形虫、寄生虫等，都可以造成肺部感染。