停留三小时行程码会有记录在北京市疫情防控信息管理系统中。该系统是由北京市政府开发的一款用于疫情防控的信息管理系统，旨在帮助监测、预警和控制疫情的传播。如果您在北京停留三小时并使用了行程码，那么您的行程码信息将被记录在该系统中。这将有助于当地卫生部门在必要时追踪和排查疫情。同时，如果您的行程码显示您曾经到过疫情风险区域或与确诊病例有过接触，当地卫生部门也会及时联系您进行隔离或检测等措施，以保障公共卫生安全。因此，建议您在出行时务必使用行程码，并遵守当地防疫措施，共同参与疫情防控工作。