肛瘘治疗最好的方法就是通过手术进行治疗。肛瘘是属于肛门周围感染化脓性质的疾病。如果通过非手术的药物保守治疗，无法达到彻底的治愈，容易反复的发作，并且可能会由低位的肛瘘发展成高位的肛瘘，由简单的肛瘘发展成复杂性的肛瘘。肛瘘在诊断明确以后，主要的治疗方法就是通过手术治疗。低位的单纯性的肛瘘可以直接切除原发的感染内口，肛瘘的管道部分以及外口高位的复杂性的肛瘘。一般会建议患者通过挂线的手术方式，主要的目的就是保护肛门周围的括约肌，避免在手术以后发生肛门失禁的情况。在手术之后也一定要按时换药，保持创面引流的通畅，促进伤口的愈合。