三个月的宝宝咳嗽，要查明病因，并且针对病因应用药物治疗，并且做好对症处理，出现咳嗽的情况，可能是炎症感染的原因造成。有可能是病毒性的感染，细菌性的感染，也可能是支原体或衣原体，以及其他的病原体造成感染的现象。如果是属于病毒性的感染，可以选择抑制病毒生物合成的药物进行治疗，如果是属于细菌性的感染，可以选择应用敏感的抗生素。支原体或衣原体造成感染的现象，可以应用大环内酯类的抗生素治疗。根据咳嗽的情况，选择应用化痰或者止咳的药物进行治疗。