直肠炎可以选择头孢或左氧氟沙星、氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等，或者是微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、酪酸菌等治疗，这些药物都可以使直肠炎得到治愈，但很容易复发。直肠炎可以分为急性和慢性，急性直肠炎常由病毒或细菌感染引起，患者可以做血常规检查，血常规显示白细胞、中性粒细胞升高的，就是细菌性引起的急性急性结肠炎，可以选择头孢和左氧氟沙星治疗。如果血常规显示白细胞、中细胞正常，就是病毒感染引起，可以选择被肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、酪酸菌等，或者是黄连素、蒙脱石散等止泻治疗。慢性直肠炎，常见于溃疡性结肠炎，是一种多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症，常需要治疗两年以上，有些患者需要终身维持治疗。