巨细胞病毒感染的临床表现多种多样，分为有症状性感染和无症状性感染。有症状性感染常见的有中枢神经系统的损害，如头小畸形，脑积水、脑瘫等。其次，比较常见的为耳聋，25%的先天性耳聋患者均有巨细胞病毒感染。最后，还有其他方面的感染如肝炎，肺炎，胃肠道等方面的损害。