小肠炎的治疗以加强全身支持疗法，纠正水电解质的失常，解除中毒症状，积极防治中毒性休克和其他并发症为主要治疗原则。选择抗生素控制肠道内的感染可减轻临床的症状。常用的抗生素有氨基青霉素、氯霉素、庆大霉素、卡那霉素等等。注意纠正水电解质的紊乱，可以根据病情酌定输液总量和成分，防止失钠失钾。得了小肠炎要注意休息、禁食。如果有腹痛、便血和发热期，应该完全卧床休息和禁食，一直到呕吐停止、便血减少、腹痛减轻的时候，方可进流质饮食，然后再逐渐的增加饭量。禁食期间应静脉输入高营养液，如葡萄糖、复方氨基酸和水解蛋白等，过早摄取食物可能导致疾病复发，但过迟又可能影响营养状况，延迟疾病的康复。