盐酸小檗碱在临床上主要适用用于肠道感染，比如胃肠炎，在应用过程当中产生的副作用主要是见于以下情况。一，胃肠道的刺激症状，有可能会出现烧心、反酸、纳差、腹胀、腹痛、恶心、呕吐，严重的有可能会出现腹痛腹泻。二，有可能会出现过敏反应，这种情况比较罕见，个别的患者有可能会出现局部皮肤发红、瘙痒、皮疹，有可能会出现血管神经性水肿的改变。再就是用药过程当中要注意，溶血性贫血的患者，以及葡萄糖六磷酸脱氢酶缺乏的患者禁用，在怀孕的头三个月要慎用，如果服用过量或者出现严重的不良反应，应该立即去医院就诊，用药过程当中发生了过敏反应，禁止使用。如果是药物的性状发生改变禁止使用，儿童如果要用需要在成人监护下使用，应该将该药物放在儿童不能够接触到的地方，避免儿童误服误用，如果正在使用其他药品在使用该药物前应该咨询医生。