龟头上有小水疱首先考虑生殖器疱疹。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的生殖器官及肛周的病毒性皮肤病，具有易复发，难治愈的特点，好发于男性龟头，包皮及冠状沟等处，临床表现为散在或簇集的小水泡，水疱易破损，溃破后形成糜烂或溃疡。治疗可局部涂抹红霉素软膏抗感染，预防皮损扩大，使用阿昔洛韦软膏外用抗病毒，症状较重者，可在医生的指导下系统口服抗病毒药物。平时注意加强营养，均衡饮食，适当锻炼，少吃辛辣刺激食物，提高免疫力，保持外阴卫生清洁。