鼻咽癌的确诊一般要靠内镜检查，可以选择鼻内镜或者电子鼻咽镜下检查，发现鼻咽部有不光滑的肿物，可以在内镜下取病理组织活检，根据活检的结果才能明确诊断。鼻咽癌的筛查还包括血清学的筛查，例如血清中EB病毒-VCA-IgA抗原，如果抗原的滴度明显高于正常，也要怀疑鼻咽癌的可能。另外，CT检查和磁共振检查也可以辅助判断鼻咽癌症。CT可以明确鼻咽癌对周围骨质破坏的情况，磁共振可以判断肿瘤的范围，是否有颈部淋巴结转移等情况，以制定治疗的方案。