先天性脑囊肿怎么办，主要看患者是什么类型的脑囊肿。如果患者是最为常见的颅内蛛网膜囊肿，而且这种蛛网膜囊肿并没有不断增大，也没有造成癫痫发作或者其它的神经功能障碍，那定期复查，保守观察就可以了。如果是表皮样囊肿，这是一种低度恶性的肿瘤，应该尽快考虑手术治疗。