扁平疣的治疗主要以破坏疣体，调节局部的皮肤生长，刺激局部和全身的免疫反应为主要手段，中医中药在扁平疣治疗上疗效得到了肯定，其中成方包括平肝活血方、治疣汤等等。对于顽固难治的扁平疣，也可以配合全身或者局部注射干扰素，局部可以外用5-氟尿嘧啶，0.7%斑蟊素或者是0.1%-0.3%的维A酸酒精溶液，5%的咪喹莫特霜也可以收到良好的效果。物理治疗包括可以冷冻、激光、红外凝固治疗等等手段，对于个别特殊的扁平疣患者，可以采用外科手术的治疗，具体选择哪种治疗手段，应结合患者的具体情况，个性化的治疗。