兰索拉唑与其它的质子泵抑制剂类似，也有一些消化道的副作用以及血液系统副作用和神经系统副作用，及过敏反应等等。消化系统的副作用，主要表现为便秘，腹泻，口渴，以及出现一过性的肝功能受损，表现为转氨酶的轻度增高以及胆红素的轻度增高，但是停药以后很快就能降至正常。在神经系统的副作用中，主要表现为头晕，失眠以及头痛等等。血液系统的副作用表现为贫血，白细胞减少以及血小板减少等等症状。过敏反应中主要是出现皮疹以及皮肤瘙痒等等。