复发肝素钠尿囊素凝胶，本身没有什么副作用，在人群中耐受很好。在治疗过程中，偶尔会有一些不良反应的发生，但是通常无需中断治疗。常见的不良反应主要包括局部皮肤的瘙痒，还有可能会导致给药部位的肿胀和疼痛。极个别的人会产生一些感染和传染的表现，比如过敏反应和疱疹。复方肝素钠尿囊素凝胶，对其中成分过敏的人就不能够使用，比如洋葱提取物、肝素钠尿囊素。对这一些物质过敏的求美者，就不能够使用。对山梨酸、对羟基苯甲酸甲酯过敏的，也不能够使用。