出现了阿米巴肠病的时候，首选的药物是甲硝唑，也就是灭滴灵，对于阿米巴滋养体具有比较强的杀灭作用，而且是比较安全的药物。对于肠内肠外各种类型的阿米巴疾病都具有很好的疗效，是目前抗阿米巴病的首选药物。另外，也可以采用甲硝磺酰咪唑，是硝基咪唑类的化合物的衍生物，疗效和灭滴灵相似，会更好一些，对于治疗阿米巴肠病效果也是比较好的。另外，也可以采用吐根碱来进行治疗，对于肠腔内的阿米巴是没有明显的疗效的，但是对于组织内的阿米巴滋养体，确实具有比较高的杀灭作用，但是毒性比较大。婴幼儿，孕妇或者有心脑血管疾病的患者，或者肾脏疾病的患者，最好不要使用。如果需要重复治疗，至少需要间隔6个星期以上。