肚子疼大便是绿色的原因是消化不良，同时也考虑是有肠道功能紊乱，或者肠道炎症等。需要进行大便常规的化验检查以及血常规的检查，必要时还需要进行肠镜检查来明确病情。如果经常吃寒凉性的食物或酸辣刺激性的食物，经常暴饮暴食，腹部经常受寒凉的刺激，或者精神紧张、焦虑，很容易引起病情反复。改变不良的生活习惯和饮食习惯，合理应用调理肠胃功能的益生菌，如乳酸菌素片，配合健胃消食的药物等进行治疗。