单纯疱疹病毒主要是使用一些抗病毒的药物来进行治疗。口唇部位的单纯疱疹一般由单纯疱疹病毒Ⅰ型感染所造成，口服阿昔洛韦、伐昔洛韦、或者是泛昔洛韦，可以在短时间内让皮损消退。另外，如果皮损不太严重，也可以只用外涂的药物，比如说阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏、干扰素软膏来进行局部的对症处理。由于单纯疱疹容易并发一些细菌感染，皮损的局部还可以使用一些抗生素类的药膏，比如百多邦、金霉素眼膏等进行处理。如果是生殖器疱疹，也可以按照口唇的单纯疱疹来同样的治疗。对于复发性的生殖器疱疹患者可能需要长程的抗病毒治疗，时间在4到6个月不等。