益生菌主要使用的菌种有乳酸菌、双歧杆菌、酪酸梭菌和肠球菌，主要分离自健康人群的肠道，作为人体的一部分，这些菌类是人体进化过程中形成的，且有些菌种作为发酵菌种，运用已经有上百年的历史，益生菌的安全性得到了时间的验证。国外有报道与乳杆菌相关联的心内膜炎，脑炎和脑膜炎肺炎的个别报道，均为免疫功能受损的患者，国外个别病例在报道免疫功能受损或有基础疾病患者可以发生拉巴菌和枯草杆菌菌血症，因此对于这种特殊人群使用益生菌应该引起重视。