肛门囊肿，可以选择头孢类的药物来进行治疗，特别是当肛门囊肿出现了积液的时候，肛门囊肿是因为肛窦炎引起的，可以服用氧氟沙星等药物来进行治疗。如果长时间导致了肛门部位的血液循环比较慢，可以涂抹促进血液循环的药物，还需要服用甲硝唑等药物来进行治疗。如果是炎症性的疾病导致的肛门囊肿，需要多吃一些抗生素类的药物来进行抗炎的治疗，平时还需要选择中药来坐浴，能够很好的消除炎症、消除疼痛和肿胀，避免情况加重。