如果患者确定肺脓肿后，首先要积极地使用抗生素的治疗，包括使用对厌氧菌有效的青霉素族抗生素，可联合应用奥硝唑、甲硝唑、克林霉素等对厌氧菌有效的药物。某些厌氧菌，如脆弱类杆菌可产生β内酰胺酶，故青霉素效果差，可使用碳青霉烯类、头孢西丁等药物，加酶抑制剂也可增强，如阿莫西林、舒巴坦等。院内获得性感染形成的肺脓肿，多数为需氧菌，并有耐药菌株的出现，故需选用β内酰胺类抗生素中的第二代、第三代头孢菌素，必要时联合应用氨基糖苷类。血源性肺脓肿致病菌多为金黄色葡萄球菌，且多数对青霉素耐药，应选用耐青霉素酶的半合成青霉素的药物。对耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，只需要使用糖肽类和利奈唑胺类。