如果肛瘘患者痛起来，应当积极的给予药物治疗，完善术前检查，行手术治疗。可以应用一些中药熏洗或坐浴，减轻疼痛的症状，常用的药物有五倍子汤、苦参汤或止痛如神汤。药物加水煮沸，先熏后洗，可以起到活血止痛、收敛消肿的作用。积极的行手术治疗，根据肛瘘瘘管位置的高低不同，选择不同的手术方式。如果瘘管位置比较低，可以行肛瘘切除术，将瘘管切除。如果瘘管位置比较高，可以行切开挂线治疗，利用橡皮筋机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。术后加强营养支持治疗，多吃一些蛋白含量高的食物，促进肉芽组织生长，促进创面的愈合。手术后还应当积极的下地走动，促进分泌物的流出，还可以增强机体的抗病能力。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。