阴茎内部疼痛的原因是非常多的：1.比较常见的有可能是因为一些炎症感染所造成的，比如说前列腺炎症都有可能会引起阴茎内部疼痛，尿道炎以及膀胱炎也有可能会出现类似疼痛的情况。2.有可能会是尿道结石。如果有存在结石性疾病，结石在没有排出来之前有有可能会在尿道卡住，然后引起尿道疼痛的。3.有可能会是外伤所引起的。比如说外力撞击，也可能会是医生进行尿道一些操作，都有可能会导致阴茎内部有疼痛感。最后如果平时手淫太多，性生活太频繁，长时间勃起也可能会引起类似的疼痛。