祁连县位于中国青海省西北部，地处祁连山脉南麓，海拔高度较高。根据资料显示，祁连县的平均海拔高度约为3,800米左右。但是，由于祁连县地形复杂，海拔高度在不同地区会有所不同，最高点可达到5,554米。因此，具体的海拔高度需要根据所在位置而定。