毛囊炎的治疗首先要注意皮肤卫生，积极治疗瘙痒性皮肤病，全身的慢性消耗性疾病，比如糖尿病，同时增强机体免疫力，以减少复发。发病时以抗生素治疗为主，局部用药以选择消炎，杀菌和干燥为主的外用药物，比如2%莫匹罗星软膏，尽量减少选择其他类型抗生素外用制剂，以免诱导耐药。渗出明显时，可以用呋喃西林溶液湿敷，或者1:5000的高锰酸钾溶液清洗。也可以用硫磺洗剂，硫磺炉甘石洗剂等治疗。物理疗法包括紫外线照射、超短波治疗、红外线照射等，可以酌情使用浅层x线照射。对于脓肿的毛囊炎和项部的瘢痕疙瘩性毛囊炎，还可以用激素局部封闭。