乙肝在活动的时候或者是有明确的肝硬化或肝癌家族史，年龄超过三十岁以上，病毒载量较高的所谓乙肝携带者，肝硬化的患者，病毒载量阳性等等，这些均需要进行抗病毒治疗。选择抗病毒药物最常用的为核苷类似物，如恩替卡韦，富马酸替诺福韦，富马酸丙酚替诺福韦，这些均具有强效快速抑制乙肝病毒的作用。但是由于它仅能够抑制乙肝病毒复制并不能够清除乙肝病毒的复制模板。因此，要较长时间的治疗，终身的抗病毒治疗，尤其是肝炎肝硬化，病人往往需要终身抗病毒治疗。另外，针对一些优势人群，如表面抗原水平较低的、病毒载量较低的，可以选择长效干扰素。