阿莫西林属于青霉素类的抗生素，副作用还是比较常见的。常见的是过敏性症状，可以出现药物热、荨麻疹、皮疹和哮喘症状，尤其容易发生在传染性单核细胞增多症的患者身上。比较少见的是过敏性休克，还会有消化系统症状，比较多见的是腹泻、恶心、呕吐的症状，偶见假膜性结肠炎。血液系统的症状可以看到嗜酸性粒细胞增多或者白细胞减少、血小板减少，还有人会有轻度的贫血。还有皮肤黏膜的反应，偶见斑丘疹、渗出性多形性红斑、剥脱性皮炎。一些病人会发生一过性的转氨酶升高，停药之后基本是可以恢复的。