奥美拉唑肠溶胶囊副作用相对比较小，主要的副作用包括有肝功能异常表现为，一过性的转氨酶增高以及胆红素轻度增高，在停药以后，一般来说，能够很快的降到正常，同时，还会出现有胃部的一些症状以及肠道的症状，比如出现口干，恶心，呕吐，腹胀，便秘，腹泻以及腹痛等等。同时，极少数的患者，对奥美拉唑会过敏，出现皮疹以及瘙痒的情况，还有一些患者出现血液系统的副作用，表现为溶血性贫血。