肺部脓肿分枝杆菌，可在医师的指导下使用抗感染的药物进行治疗。在服用抗感染药物治疗肺脓肿分枝杆菌感染的过程当中，容易出现肝肾功能损害的现象，特别是结核药，服药期间还应定期去医院复查肝肾功能。出现肝脏损伤的情况，可以在医师的指导下使用护肝保肾的药物配合治疗。并且定期到医院复查，及时掌握病情发展情况。