慢性肾炎大部分是由于免疫介导引起，少部分是由急性肾炎发展而来的。正常情况下肾小球的滤过屏障能将人体内多余的水分和代谢废物过滤出去，形成尿液，同时避免将红细胞、蛋白质等过滤出去。而慢性肾炎的患者由于滤过屏障遭到了破坏，会导致血液中的红细胞和蛋白质被过滤出去，出现血尿、蛋白尿、水肿等症状。各种感染如上呼吸道感染、尿路感染、乙肝病毒感染等都可以引起慢性肾炎急性发作或加重病情。另外，长期口服肾毒性药物，如非甾体抗炎药和某些抗生素也会导致慢性肾炎患者肾功能的损害。