巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿治疗的方法有药物治疗和手术治疗。如果巧克力囊肿大于五个厘米了，建议手术治疗，小于五个厘米可以口服药物孕三烯酮或者是达那唑进行治疗，另外也可以皮下注射亮丙瑞林进行治疗，孕三烯酮的口服方法是一周两次，一次一片，皮下注射亮丙瑞林，月经干净之后注射一次，然后28天再注射一次，一般3到6次是一个疗程。