男性小便时尿道刺痛可能和以下因素有关：第一、若存在过度的性生活或手淫，可能会导致尿道和阴茎劳损，部分患者可出现一过性的排尿后烧灼感与疼痛感。此类患者需及时改善不良习惯，以免导致局部不适。第二、若长期合并慢性的前列腺炎没有得到充分的治疗，也可引起排尿时尿道疼痛。前列腺炎可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎，若患者均可出现尿频、尿急、尿不尽以及排尿疼痛等不良反应。第三、若患者有不洁的性行为病史，也可导致性传播疾病的发生，例如淋菌性尿道炎或非淋菌性尿道炎等。