眼睛患有结膜炎，要根据结膜炎的具体类型进行药物治疗，其种类繁多，要根据结膜炎不同类型，选择不同的滴眼剂，眼膏及口服药物进行治疗。一般细菌性结膜炎，使用抗生素滴眼剂，如左氧氟沙星滴眼剂，妥布霉素滴眼剂的；如果伴有耳前淋巴结肿大，一般口服药物是阿莫西林胶囊，头孢呋辛酯片，头孢克肟胶囊，左氧氟沙星胶囊等。病毒感染的，一般滴眼剂使用更昔洛韦滴眼剂，或阿昔洛韦滴眼剂；口服药物可以使用利巴韦林颗粒，病毒灵等。过敏性结膜炎一般是由于对外界环境中的过敏源产生过敏反应，使用的滴眼剂一般是氮卓斯汀滴眼液，盐酸奥洛他定滴眼剂等。口服药物可以使用氯雷他定颗粒，氯雷他定胶囊，左西替利嗪胶囊等药物进行治疗。衣原体感染形成的结膜炎，一般使用的药物是红霉素类的药物和四环素类的药物进行治疗。