肛门囊肿是肛肠科常见的病症，治疗的方法也有很多：1、肛门囊肿是因为里面有积液导致，可以服用第三代头孢菌素治疗。2、因为长时间坐着导致血液循环变慢，或因为长时间吃辛辣、刺激性食物引起的炎症，需要外涂金黄膏服用甲硝唑来配合治疗。3、完全因为炎症导致的囊肿，需要服用抗生素类药物，比如氨基糖苷类抗生素进行抗炎治疗。4、确认是不是痔疮，如果是痔疮就要服用治疗痔疮的药物，比如槐花散、痔速宁片等等。5、肛窦炎引起的囊肿，可以服用氧氟沙星或者或用中药材洗浴治疗，可以有效使身体吸收消除炎症。除以上几种情况外，比较严重的建议到正规医院检查，方便尽快治疗，以免影响治疗时间，导致病情加重。