1、成分不同。托帕石矿物学名叫做黄玉或黄晶，属于硅酸盐与硅酸盐矿物，是在岩浆结晶过程的最后阶段所散发出来的含氟蒸汽形成的。而水晶属于石英族，主要成分是二氧化硅。水晶的形成条件很苛刻，含有二氧化硅的饱和液，经地壳运动遇到高温高压，使热液中的二氧化硅融化，后又逐渐冷却凝结，在一定的空间和时间内慢慢长成水晶。托帕石是黄玉，而水晶是石英，所以它们是两种不同的矿物。