复方甲氧那明胶囊有可能会出现一些危害，但其危害即副作用并不大，例如部分患者在口服复方甲氧那明以后有可能出现轻度的皮疹、皮肤发红、瘙痒，有时还可以伴有胃肠道症状，例如恶心、呕吐、食欲不振，部分患者还可以出现眩晕、排尿困难以及心悸等，对于既往有心脏疾病的患者以及高血压的患者，有可能会出现心律失常。故复方甲氧那明胶囊使用时一定要注意其适应症以及禁忌症，此药不能长期大量的服用，对于哺乳期的妇女禁用，对于未满8岁的婴幼儿也是禁用，当出现相应药物不良反应时应该立即的停药，必要时去医院就诊。