南京二套房贷款利率分为两种，分为二套房公积金贷款利率和二套房商业贷款利率，它们都会相较于国家基准利率有所上浮。其中，二套房商业贷款利率会上浮10%到30%，二套房公积金贷款利率上浮10%。